O Doze Futebol Clube foi fundado no dia 18 de novembro de 2014, em Vitória, pelas mãos de um grupo de empresários liderados por Israel Levi, que desejava aplicar um novo formato de gestão e entretenimento no futebol brasileiro, o Crowdmanaging, um tipo de gestão no qual o torcedor participa ativamente das decisões que traçam o rumo do clube. Por isso, o clube foi batizado com o nome Doze, referenciando o torcedor como o 12º jogador.
O Doze iniciou suas atividades no futebol profissional capixaba na no Campeonato Capixaba Série B de 2015. Com os ex-jogadores do Vasco da Gama, Sorato e Carlos Germano, à frente do comando técnico, o time foi vice-campeão e conquistou o acesso ao Capixabão do ano seguinte.
Em 2017, fez ótima campanha e foi vice-campeão do Capixabão, diante do Atlético Itapemirim. Porém, em 2018, sofre o rebaixamento para a segunda divisão estadual e, em 2019, paralisa suas atividades.
Em 2022, o clube retoma suas atividades apenas nas categorias de base e, no mesmo ano, conquista o Estadual Sub-15 ao superar o Porto Vitória, por 2 a 1.
Estadual Sub-15 (2022)
2014
– Fundação do Doze Futebol Clube, no dia 18 de novembro de 2014, pelas mãos de um grupo de empresários liderados por Israel Levi.
2015
– Disputa sua primeira competição profissional, o Campeonato Capixaba Série B 2015, e é vice-campeão. Com isso, sobe para a primeira divisão estadual logo na primeira tentativa.
2017
– Vice-campeão do Capixabão, perdendo a final por 2 a 1 para o Atlético Itapemirim.
2018
– Sofre o rebaixamento no Capixabão, terminando na penúltima posição.
2019
– Decide não disputar a Série B do Campeonato Capixaba e paralisa as atividades do futebol
2022
– Retoma as atividades apenas nas categorias de base.
– Campeão do Estadual Sub-15, superando o Porto Vitória por 2 a 1.