A Associação Jaguaré Esporte Clube foi fundada no dia 5 de dezembro de 2001, com sede em Jaguaré, que fica no Norte do Espírito Santo. A equipe manda seus jogos no estádio Centro Esportivo Conilon, ou apenas Conilon, que fica no mesmo município.
O “Tricolor do Norte” disputou a primeira divisão do Campeonato Capixaba pela primeira vez em 2005, herdando a vaga do Estrela de Cachoeiro, que desistiu da disputa. A vaga ficou com o Jaguaré por causa da campanha semifinalista na segunda divisão de 2004.
A temporada de 2007 é a mais marcante na história do clube. No mesmo ano, o Jaguaré foi vice-campeão capixaba diante do Linhares FC, com derrota por 1 a 0 na final, e campeão da Copa Espírito Santo, em cima do Vilavelhense, nos pênaltis, após dois empates sem gols.
A campanha vitoriosa teve a participação do zagueiro Gil, que depois virou ídolo do Corinthians-SP e defendeu a Seleção Brasileira, além de grandes nomes do futebol capixaba. O Jaguaré já tinha batido na trave na Copa ES em 2005, quando foi vice-campeão perante o Estrela do Norte.
O clube disputou o Campeonato Brasileiro Série C, em 2007, mas não avançou no grupo que tinha América-RJ, Guarani-SP e Tupi-MG. O Jaguaré também participou da Copa do Brasil em 2008, sendo eliminado na primeira fase para o River-PI, depois de vencer em casa, por 3 a 2, e perder em Teresina (PI), por 2 a 0.
O “Tricolor do Norte” desistiu de participar do Campeonato Capixaba em 2011. Mas retomou suas atividades em 2022 e foi campeão do Campeonato Capixaba Série B em 2023, superando o Rio Branco FC na final, por 2 a 0.