O Doze Futebol Clube foi fundado no dia 18 de novembro de 2014, no município de Vitória, pelas mãos de um grupo de empresários liderados por Israel Levi, que desejava aplicar um novo formato de gestão e entretenimento no futebol brasileiro, o Crowdmanaging, um tipo de gestão no qual o torcedor participa ativamente das decisões que traçam o rumo do clube.
Também insatisfeito com o modelo de gestão e como os torcedores são tratados pelos clubes brasileiros, Levi estudou um novo método de gestão que pudesse haver mais participação dos torcedores do time. Por isso o clube foi batizado com o nome Doze, referenciando o torcedor como o 12º jogador.
O Doze foi fundado em 2014, mas só iniciou suas atividades no futebol profissional capixaba disputando na Série B do Campeonato Estadual do Espírito Santo em 2015. Com as grandes lendas Aguinaldo Sorato e Carlos Germano à frente do clube, o time fez uma ótima campanha em campo consagrando-se como o vice-campeão, conquistando uma vaga para o ano seguinte na Série A do campeonato estadual. Após a conquista do vice-campeonato da Série B, o clube competiu na Copa Espírito Santo 2015.
Em 2016, na disputa da Série A do Campeonato Capixaba, o Doze Futebol Clube conseguiu permanecer no principal torneio do estado por mais um ano, se consolidando como um clube da primeira divisão. E em 2017, o clube fez uma ótima campanha e chegou ao final do campeonato como vice-campeão, chegando muito perto do título, que ficou com o Atlético Itapemirim, depois de duas partidas no final do torneio.